Прва идеја за стварање музеја историјско-етнографске природе дошла је од Стојана Новаковића, члана Српског ученог друштва (претече Краљевске, а затим и Српске академије наука и уметности). Новаковић је још 1872. године поднео предлог и нацрт за оснивање овакве установе. Први дом Етнографског музеја у Београду била је кућа устаника, царинског чиновника, политичара и трговца Стевче Михаиловића, у Улици кнеза Милоша 15. Михаиловић је кућу завештао српском народу, са циљем да се у њој отвори музеј. Услови су се остварили тек по смрти Михаиловићеве удовице Кате, 1898. године. Музеј је 1901. године почео самосталан рад пресељењем у додељену зграду и именовањем првог управника, професора др Симе Тројановића. Након тога, Музеј је неколико пута мењао локацију да би се на крају 1951. године уселио у зграду некадашње Београдске берзе, на адреси Студентски трг 13, где се налази и данас.

У почетку, Музеј је тежио да сакупља и излаже материјал којим се илуструје разноликост српске културе, али и њене заједничке особине неовисно од области из којих предмети потичу. Напослетку, требало је представити и специфичности српске културе у односу на друге културе Европе. Услед убрзаних промена које је индустријски развој донео, српски етнолози су покушали да нађу начин да се суоче с нестанком онога што се сматрало традиционалном културом. Данас је Музеј уз проучавање културне историје Срба окренут и проучавању савремених друштвених процеса.

Прва стална изложба Музеја отворена је 1904, на стогодишњицу почетка Првог српског устанка. Сто година по оснивању Музеја, 2001. године, постављена је осма стална изложба под називом Народна култура Срба у XIX и XX веку. Користећи око 5 000 предмета из фонда Етнографског музеја, изложба приказује културу Срба с простора на којима су живели током XIX и XX века.

Почев од 1926. године, а не рачунајући године рата, Музеј континуирано издаје Гласник Етнографског музеја, стручни часопис чија је сврха да представи сазнања у свим гранама етнологије. Такође, већ тридесет година, Музеј је домаћин и Међународном фестивалу етнолошког филма, манифестације чији је циљ да афирмише успешна визуелна истраживања традицијских и савремених култура широм света, као и да допринесе подизању нивоа свести о значају културног наслеђа за квалитетан развој људских заједница.

До данас, Етнографски музеј у Београду је једини музеј чисто етнографског типа у Србији. Одлуком Републичког већа 1968. године, Музеј је одређен као матична установа за етнографски материјал који се налази у комплексним музејима у Републици Србији.

Пројеакт дигитализације реализован уз подршку Министарства културе и информисања.