Prva ideja za stvaranje muzeja istorijsko-etnografske prirode došla je od Stojana Novakovića, člana Srpskog učenog društva (preteče Kraljevske, a zatim i Srpske akademije nauka i umetnosti). Novaković je još 1872. godine podneo predlog i nacrt za osnivanje ovakve ustanove. Prvi dom Etnografskog muzeja u Beogradu bila je kuća ustanika, carinskog činovnika, političara i trgovca Stevče Mihailovića, u Ulici kneza Miloša 15. Mihailović je kuću zaveštao srpskom narodu, sa ciljem da se u njoj otvori muzej. Uslovi su se ostvarili tek po smrti Mihailovićeve udovice Kate, 1898. godine. Muzej je 1901. godine počeo samostalan rad preseljenjem u dodeljenu zgradu i imenovanjem prvog upravnika, profesora dr Sime Trojanovića. Nakon toga, Muzej je nekoliko puta menjao lokaciju da bi se na kraju 1951. godine uselio u zgradu nekadašnje Beogradske berze, na adresi Studentski trg 13, gde se nalazi i danas.

U početku, Muzej je težio da sakuplja i izlaže materijal kojim se ilustruje raznolikost srpske kulture, ali i njene zajedničke osobine neovisno od oblasti iz kojih predmeti potiču. Naposletku, trebalo je predstaviti i specifičnosti srpske kulture u odnosu na druge kulture Evrope. Usled ubrzanih promena koje je industrijski razvoj doneo, srpski etnolozi su pokušali da nađu način da se suoče s nestankom onoga što se smatralo tradicionalnom kulturom. Danas je Muzej uz proučavanje kulturne istorije Srba okrenut i proučavanju savremenih društvenih procesa.

Prva stalna izložba Muzeja otvorena je 1904, na stogodišnjicu početka Prvog srpskog ustanka. Sto godina po osnivanju Muzeja, 2001. godine, postavljena je osma stalna izložba pod nazivom Narodna kultura Srba u XIX i XX veku. Koristeći oko 5 000 predmeta iz fonda Etnografskog muzeja, izložba prikazuje kulturu Srba s prostora na kojima su živeli tokom XIX i XX veka.

Počev od 1926. godine, a ne računajući godine rata, Muzej kontinuirano izdaje Glasnik Etnografskog muzeja, stručni časopis čija je svrha da predstavi saznanja u svim granama etnologije. Takođe, već trideset godina, Muzej je domaćin i Međunarodnom festivalu etnološkog filma, manifestacije čiji je cilj da afirmiše uspešna vizuelna istraživanja tradicijskih i savremenih kultura širom sveta, kao i da doprinese podizanju nivoa svesti o značaju kulturnog nasleđa za kvalitetan razvoj ljudskih zajednica.

Do danas, Etnografski muzej u Beogradu je jedini muzej čisto etnografskog tipa u Srbiji. Odlukom Republičkog veća 1968. godine, Muzej je određen kao matična ustanova za etnografski materijal koji se nalazi u kompleksnim muzejima u Republici Srbiji.

Projeakt digitalizacije realizovan uz podršku Ministarstva kulture i informisanja.